2019년 12월 6일 강용석은 자신이 운영하는 유튜브 방송 가로세로연구소를 통해 김건모가 서울 강남구 논현동의 위치한 한 유흥주점에서 일하는 여종업원을 성폭행했다고 주장했다. 강용석은 이날 방송을 통해 김건모에게 성폭행을 당했다고 주장한 여성으로부터 제보를 받아 직접 만났다고 밝혔다. 제보에 따르면 김건모는 유흥업소를 찾았다가 피해여성에게 구강성교를 강요하고 끝내 성폭행까지 했다고. 2019년 12월 9일 정식으로 검찰에 고소장을 제출했다.(기사)

이에 김건모 측 소속사는 '김건모 본인에게 확인했다며 강용석의 주장이 사실이 아니다'라고 반박했으며 강용석을 허위사실 유포 및 명예훼손으로 고소하겠다고 밝혔다. 앞서 김건모는 2019년 10월 30일, 피아니스트 장지연과 결혼을 한다는 소식을 발표했고 결혼식 날짜까지 발표했다가 주변 지인들의 참석 요구가 많아 식장을 변경한다는 이유로 4개월 후로 결혼식을 미뤘는데 이 성폭행 논란 때문에 결혼식을 미룬 게 아니냐는 의심을 받았고 이때문에 파혼 루머까지 생겼다.[8]

하필 이 논란이 일어난 게 미운 우리 새끼에 김건모가 예비신부 장지연에게 프로포즈를 하는 에피소드가 방영하기 직전이라 제작진들은 또 발등에 불이 떨어지게 생겼다. 미우새는 몇달 전에도 게스트로 구혜선이 나오는 에피소드가 방영하는 날에 안재현과의 이혼 논란이 발생하면서 구혜선의 분량 중 남편 안재현에 대해 언급한 부분을 급하게 편집한 사례가 있다. 게다가 이번에는 김건모의 엄마가 스튜디오에 출연하는지라 편집하기가 더 까다로운 상황이다. 게다가 12월 10일 방영된 비디오 스타에는 처남인 장희웅이 출연해서 '결혼 비하인드 스토리'를 공개한다 했지만 결국 통편집되었다.

일단 미운 우리 새끼는 편집 없이 방송되었지만 진위 여부와 상관없이 여론이 그리 좋지 못한 상황에서 방영을 감행한 거라 미우새 제작진 및 SBS에 대한 비난이 쇄도했고[9] 25주년 기념 콘서트 역시 강행했지만 성폭행 의혹의 영향과 깔끔하지 못한 처신으로 예전부터 태도 때문에 좋지 않은 평을 받은 그의 콘서트는 평이 더욱 좋지 않다. 비디오스타는 김건모의 언급 부분을 다 편집했다.

그는 자신의 개인적인 결혼 문제는 물론이고 향후 연예계 활동에 있어서도 이번 성폭행 의혹이 중대한 분기점이 될 것으로 보인다. 성폭행 의혹을 제기한 강용석 측과 정면대결을 벌일 수밖에 없는 상황이기에 결과에 따라서 김건모, 강용석 둘 중 하나는 돌이킬 수 없는 치명타를 입게 될 것이다. 단, 강용석이 밝혀낸 것이 정황상 확률이 높긴 하나 아직 강용석 측에서 증거 제시를 안 하는 상황이기 때문에 모든 건 검경이 수사를 해봐야 알 것이다.

일단 12월 10일 서울중앙지검은 고소장 접수받은 사건을 여성아동범죄조사부로 배당하고 사건 발생 장소와 관계인 주거지 등을 고려해 강남경찰서에 사건을 보내기로 했다고 밝혔다.

다른 피해자가 또 있다고 한다.(기사)

2019년 12월 10일 유튜브 가로세로연구소에서 강용석과 김세의가 2번째 여성 피해자를 보도했다. 강용석은 '2007년 1월 10일, 강남 테헤란로의 한 유흥주점에서 매니저 역할로 일했던 여성이 김건모에게 폭행을 당했다. 이 여성은 김건모에게 성폭행을 당했다고 주장하는 다른 여성이 꽃뱀인 것처럼 일방적으로 매도당하는 게 너무 화가 나서 본인이 힘이 돼주기 위해서 제보했다고 밝혔다'고 전했다. 방송에 의하면 김건모가 여성에게 욕을 하면서 머리채를 잡고 눕혀 주먹으로 때렸고, 여성은 눈과 코, 배를 맞아서 피까지 흘렸다고 한다.

가세연은 해당 여성이 당시 병원 응급실에서 진단한 기록이 있는데, 안와상과 코뼈 골절 진단을 받았다고 하면서 병원에서 발급한 의무기록 사본 증명서도 공개했다. 그리고 이 여성은 김건모와 가게 업주가 경찰에 신고를 못하게 했고, 김건모 측이 너무 무서웠고, 발설을 하면 안된다는 협박도 있어서 당시 신고를 못했다고 했다.[10]

MBC 출신인 김세의 전 기자는 'MBC에 알아봤더니 기록이 있더라. 2007년 1월 10일 '김건모 폭행 사건'으로 촬영한 영상도 있더라. 저희가 자료 영상을 구매하려고 했으나 살 수 없었다'고 밝혔다. 출처

그 뒤 "추가 촬영 계획이 없다."는 미우새 제작진의 언급으로 사실상 하차 처리되었음이 확인되면서 앞으로 미우새에서 그의 모습은 볼 수 없을 것으로 보인다.(출처)[11]

김건모의 예비 장인이자 작곡가 겸 가수인 장욱조 씨가 최근 불후의 명곡 전설을 노래하다의 전설로써 출연해 녹화를 마치게 된 것이 확인되었는데, KBS는 논란과는 별개의 문제인 만큼 방송 여부에는 영향이 없을 것이라는 입장을 밝혔다.